Βρίσκεται στη διασταύρωση των βασικών οδικών αρτηριών που συνδέουν τη Λάρνακα με τη Λεμεσό και τη Λευκωσία. Είναι μία από τις έξι παλαιές εκκλησίες της κοινότητας Κοφίνου και η πιο καλοδιατηρημένη. Χρονολογείται στις αρχές του 11ου αιώνα και οικοδομήθηκε στα ερείπια μια παλαιότερης τρίκλιτης βασιλικής του 7ου αιώνα μ.Χ. Στην αρχική φάση της εκκλησίας πιστεύεται, ότι είχε την έδρα του ο επίσκοπος Ηράκλειος. Σύμφωνα με τα διάφορα ευρήματα που βρέθηκαν, ο οικισμός καταστράφηκε έπειτα από ισχυρό σεισμό.

Στη δεύτερη φάση η εκκλησία ανήκει σε μια σπάνια παραλλαγή συνεπτυγμένου σταυροειδούς ναού, επηρεασμένου, όπως και η πρώτη φάση, από χαρακτηριστικά της αρχιτεκτονικής που παρουσιάζονταν στη Μικρά Ασία και την Εγγύς Ανατολή, κατά την πρώιμη και μέση Βυζαντινή περίοδο. Στο ναό διασώζονται τρία στρώματα τοιχογραφιών, τα οποία χρονολογούνται στον 12ο, στον 14ο και στον 16ο αιώνα.

Η εκκλησία της Παναγίας κηρύχθηκε αρχαίο μνημείο το 1935. Με δαπάνη της Ιεράς Μητρόπολης Τριμυθούντος και στα πλαίσια της Ευρωπαϊκής Εδαφικής συνεργασίας Ελλάδας – Κύπρος 2007 – 2013 και του προγράμματος «ΕΥΜΑΘΙΟΣ ΦΙΛΟΚΑΛΗΣ: Ανάδειξη επιλεγμένων μεσοβυζαντινών μνημείων Κρήτης – Κύπρου, με καινοτόμες μεθόδους», προωθήθηκε και υλοποιήθηκε μελέτη συνολικής διαχείρισης και συντήρησης του μνημείου.

Ο επίσκοπος Ηράκλειος αποτέλεσε ένα απο τους 300 Αλαμάνους που επέλεξε το χωριό της Κοφίνου ως χώρο άσκησης. Μάλιστα στη συγκεκριμένη περιοχή σώζεται ερειπωμένη εκκλησία αφιερωμένη στο όνομά του και στην οποία βρίσκονται τμήματα μεγάλης μαρμάρινης σαρκοφάγου, όπου και πιστεύεται πως αποτελεί τον τάφο του αγίου.